Предлог by употребляется с большинством существительных, обозначающих средства передвижения, когда мы говорим о транспортном средстве в общем:

• I always go to work by car.
• It's quicker to go to Birmingham by train, you know.
• When the weather's good, mote people travel by bike.
  

Предлог in употребляется в сочетании с местоимениями my/your или артиклем the, когда мы говорим о какой-то конкретной машине, фургоне, вагоне, грузовом автомобиле, такси или машине скорой помощи:

• We all went to the party in Jim's car.
• You haven't been in my new car, have you?
• They went to hospital in the ambulance. I followed in the car.

Предлог on употребляется в сочетании с местоимениями my/your или артиклем the, когда мы говорим о каком-то конкретном велосипеде, лошади, экипаже, поезде, автобусе, корабле или самолете:

• You can buy something to drink on the train.

Для обозначения прогулки пешком употребляется сочетание on foot.

• Take a taxi — it's too far to go on foot.

При обозначении начала или конца путешествия на машине, фургоне, вагоне, грузовом автомобиле, такси или машине скорой помощи употребляются сочетания get in (into) или out of.
 
 

При обозначении начала или конца путешествия на самолете, автобусе, поезде или корабле употребляются предлоги on (onto) и of:

• Everyone wanted to get off the sbip as soon as possible.
  
• Please do not smoke until you have got off the plane.
  
• We got onto the train and looked for a seat.

Collins Cobuild Basic Grammar